另外，各战区下设各基地司令，基地司令设基地司令一名，这些基地司令直接向战区司令负责，而不需要向海军司令负责。战区司令可以在战区权限范围之内安排基地司令官，也就是说，战区司令官备了分人事大权。

新的舰队编制中，已经直接取消了以战列舰等主力战舰为心的制，舰队的基本组成是各类型的编队，比如航母编队，战列舰编队，巡洋舰编队，驱逐舰编队等。而舰队司令官可以据实际的情况，从这些编队中挑选某些编队，或者是某些战舰，组成特混舰队，然后以特混舰队的方式执行作战行动。比如，西太平洋舰队可以编制第一特混舰队，而在第一特混舰队中可以现航母编队，战列舰编队，巡洋舰编队，驱逐舰编队等。而特混舰队的指挥大权直接由舰队司令官掌握，或者是由舰队司令官任命其他人员为特混舰队司令官，由其指挥特混舰队执行作战任务。

可以说，聂人凤完全是照战时制对海军行了一次全面改组。新的海军系的任务就是将海军的战斗力都发挥来，战胜敌人，并且取得最后的胜利。而这其中，最大的亮还是新的舰队编制系。

负责舰队作战行动，有实际的舰队指挥大权。而舰队司令官将直接向海军参谋直接负责。

在这个新的舰队指挥系中，舰队司令官的权限在某些方面得到了加，不过在某些方面也被削弱了。而为了平衡权力，舰队司令官仍然是中将，特混舰队司令官是少将，或者准将，而各编队司令官为准将。新的舰队编制系的一个重要特就是，各舰队可以据实际的情况来灵活置舰队的战斗力，以期用最小的代价获得最大的胜利。这要比之前的旧式舰队系先得多。

同时，聂人凤还对海军司令的结构了调整。海军参谋得以保留，不过其主要任务是协调各战区的作战行动，以及合行动，另外负责协调各舰队的行动。因为各战区的舰队并不固定，比如某舰队在西太平洋战区执行作战任务，即为西太平洋舰队，如果后来前往印度洋执行任务，则为印度洋舰队（这是在战争中期单独设置战区司令的一个重要原因）。因此，海军参谋的主要职责，就是协调各舰队的行动。

海军司令还另外设置战略。战略的主要工作就是制订海军的战略计划，以让各战区司令，舰队合完成战略计划。设置情报，主要负责理情报，并且直接向各战区司令，舰队提供情报支援。后勤降级为后勤，负责为海军筹备战争资，并且为各战区，舰队调战争资。人事降级为人事，主要负责新兵，新军官的安置与分工作。装备发展，主要负责监督海军舰艇战机以及弹葯等等装备的制造与研制工作。